אגף משפחות, הנצחה ומורשת, בראשות אריה מועלם, הקדיש שנים ארוכות לפרויקט ההיכל, שנועד להיות אתר הנצחה מרכזי לכלל חללי מערכות ישראל, בנוסף למאות האנדרטאות הפזורות במקומות שונים בארץ.
ב-30 באפריל 2014 נערך במעמד ראשי המדינה טקס הנחת אבן הפינה בבית העלמין הצבאי בהר הרצל. "כאן – בבירת ישראל הנצחית, על הר הרצל, הנושא את שמו של חוזה מדינת היהודים, ובמקום שבו טמונים חללי מערכות ישראל, התכנסנו כדי להניח את אבן הפינה להיכל הזיכרון, שבו נוקיר, נזכור ונזכיר את הנופלים – מעתה ועד עולם ועד קץ כל הימים. כאן נזכור את כולם, שנפלו במערכות הגדולות, בפעילות הביטחון השוטף ובמלחמה שעוד לא פסקה על קיומנו. נזכור כאן את כולם – אחד אחד. בהיכל הזיכרון יהיו חקוקים שמותיהם של כל יקירינו. בכל יום, ביום השנה לנופלו של כל חלל, יידלק נר הזיכרון לצד שמו ותדלוק כאן אבוקת זיכרון לנצח נצחים, כאותה אש התמיד שדלקה בבית מקדשנו" - כך נכתב במגילת אבן הפינה. על המגילה חתמו זה לצד זה: נשיא המדינה, ראש הממשלה, יו"ר הכנסת, שר הביטחון, השר לביטחון הפנים, הרמטכ"ל, מפכ"ל המשטרה, יו"ר ארגון יד לבנים ויו"ר ארגון אלמנות ויתומי צה"ל.
היכל הזיכרון במהותו מאפשר חוויה אישית וקולקטיבית של הנצחה, וביטוי לחוב המוסרי של המדינה ולציווי של "נזכור את כולם". קיר השמות של החללים, שעוטף את המבנה המרשים שצורתו כלפיד, מחבר יחדיו סיפורים אישיים השוזרים יחדיו את סיפור הקמתה של מדינת ישראל.
מדי בוקר מתקיימת בהיכל אזכרה לחיילים שנפלו באותו היום, על ידי חזן צבאי.
שמו של כל חלל מופיע על לבנה, עם תאריך הנפילה, וביום האזכרה לנפילתו נדלק בלבנה נר זיכרון. בכניסה להיכל בוערת אש זיכרון תמידית - "אש התמיד", שמסמלת את ההנצחה הקולקטיבית והעברת לפיד הזיכרון מדור לדור.
