חבר הכשרה חקלאית של תנועת "המכבי הצעיר". עלה לארץ בשנת 1938 וגויס למנגנון החקירות של מחלקת העלייה של הסוכנות (1945-1944), שבו עסק בין היתר באיסוף מידע שסייע בהעמדתם לדין של ראשי השלטון הנאצי במסגרת משפטי נירנברג. היה שליח המוסד לעלייה ב' ומפקד "הבריחה" באוסטריה (1947-1946). ב-1947 שב לארץ ושימש כאחראי קשרי החוץ של מחלקת הביטחון ב"הגנה".

לאחר קום המדינה היה ממקימיה של "המחלקת המדינית" של משרד החוץ ופעל בשליחות משה"ח בצרפת (1949-1948). היה ראש המבצעים באגף החקר של משרד החוץ (1951-1949) ומילא תפקידים שונים בשירות משרדי החוץ והביטחון של מדינת ישראל (1956-1951). מונה לשליח משהב"ט באירופה (1959-1956).

עם סיום תפקידו באירופה מונה לממלא מקום מנכ"ל משהב"ט (1960-1959) ולאחר מכן למנכ"ל המשרד
(1965-1960). בתקופתו התפתחו קשריה הביטחוניים של ישראל עם גרמניה המערבית ומדינות נוספות. בנוסף, הועמקה תחת כהונתו פעילות המחקר והייצור הביטחוני, ובכלל זה תחילת הייצור העצמי של מטוס ה"פוגה מגינסטר" ושיגורו לחלל של הטיל "שביט", שסימל את כניסת ישראל לתחום חקר החלל.

בן נתן היה שגרירה הראשון של ישראל בגרמניה המערבית (1969-1965) ושגריר ישראל בצרפת (1974-1970). ב-1975 התמנה ליועץ מיוחד לשר הביטחון.

היה חבר במשלחת השיחות עם הממסד הביטחוני בוושינגטון והוועדה המשותפת שלימים הניבה את מזכר שיתוף הפעולה האסטרטגי של ישראל עם ארה"ב (1983). היה יועצו של ראש הממשלה ושר החוץ שמעון פרס
(1988-1984).

בן נתן כיהן (1980-1978) כחבר מועצת עיריית תל אביב, וב-1999 הוענק לו התואר "יקיר תל אביב".
בן נתן קידם את מורשת בן גוריון והקים בסיוע תרומות מחו"ל את "מדרשת בן גוריון" ואת "המכון לחקר המדבר". שימש כיו"ר "יד דוד בן גוריון".
בוגר המכון ללימודים בינלאומיים בג'נבה.
עוטר באות לגיון הכבוד הצרפתי (1964).

אשר בן נתן ז"ל