אגף התכנון יוביל את עבודת המטה המערכתית לגיבוש מדיניות, קבלת החלטות ומיצוי מיטבי של המשאבים, באמצעות תכנון, ארגון, בקרה וניתוח כלכלי, זאת על מנת לאפשר למשרד הביטחון לממש את ייעודו

יחידות האגף
- היחידה לתכנון משולב
1. היחידה לתכנון
2. היחידה לפרויקטים ותקציב
3. היחידה לניהול השירות והאיכות
4. החטיבה להוראות משהב"ט
- היחידה לארגון
- הכלכלן הראשי למערכת הביטחון
- הממונה על ענייני ביקורת המדינה והפנים במעהב"ט
- יחידת יועצים וכח אדם חיצוני במשהב"ט ובצה"ל
- היחידה לאזרחים עובדי צה"ל
המשימות העיקריות של האגף
- הובלת תהליך התכנון האינטגרטיבי והבין אגפי של משרד הביטחון
- ניהול ובקרת תכניות העבודה השנתיות והרב שנתיות של המשרד
- הובלת משימות ופרויקטים חוצי ארגון
- גיבוש, תכנון וניהול כלל משאבי הארגון והתקינה המשרדיים בראייה
רחבה - בחינה ואישור של התקשרות עם יועצים וכח אדם חיצוני במשהב"ט
ובצה"ל - הובלת החשיבה, הניתוח הכלכלי ותהליכי חדשנות בפעילות משהב"ט
- תיאום תעשיות ותאגידים שבאחריות משהב"ט
- הובלת תהליכי פיתוח והטמעת איכות השירות במשהב"ט
- טיפול בביקורות מבקר המדינה ומבקר מערכת הביטחון
- ניהול הוראות משהב"ט