יחידת מבקר מערכת הביטחון אחראית לביצוע ביקורת בכל מערכת הביטחון, לרבות צה"ל, יחידות הסמך המסווגות והבלתי מסווגות של משרד הביטחון, וכן התאגידים הממשלתיים שבאחריות שר הביטחון

החזון
חזונה של יחידת מבקר מערכת הביטחון הוא להוות ארגון ביקורת ברמה בינלאומית, מורכב ממקצוענים, שהינו כלי ניהולי מוערך, מרכזי, בידי שר הביטחון, והמסייע גם לרמטכ"ל ולמנכ"ל משהב"ט והתורם ערך למימוש ייעודה של מערכת הביטחון.
הייעוד
ייעוד היחידה לסייע בידי הדרג המדיני, שר הביטחון, לעמוד על פעילותה של מערכת הביטחון, למימוש יעדיה ומשימותיה ולתרום לשיפורה, באמצעות ביקורות, פיקוח, מתן חוות דעת וייעוץ מקצועיים.
תפקידיה המרכזיים של יחידת מבקר מערכת הביטחון
- לערוך ביקורות ומשימות פיקוח מטעם שר הביטחון בצה"ל, במשרד הביטחון וביחידות הסמך, על פעילותם, היערכותם ומוכנותם למימוש יעדיהם ומשימותיהם בשגרה ובחירום, ולתרום לשיפור תפקודם.
- לערוך ביקורות מטעם שר הביטחון בתאגידים ובתעשיות הביטחוניות (שבאחריות שר הביטחון) לרבות בגופים העובדים עם משהב"ט ובאלו הזוכים לתמיכה מתקציב הביטחון.
- לקיים ביקורות ומשימות פיקוח בתחומי ניהול הסיכונים, הציות ומימוש המדיניות, תלונות מאת הציבור, טוהר המידות ומניעת הונאות, ולהציג בפני השר את תמונת המצב העולה בתחומים אלו.
- להביא בפני שר הביטחון את הממצאים, הליקויים, כשלי הניהול, הסיכונים והנזקים הפוטנציאליים העולים מהביקורות ומפעילויות הפיקוח.
- להעמיד לרשות שר הביטחון, בהתאם לצורך, תמונת מצב וחוות דעת מקצועית כפי שעולים מפעילויות הביקורת והפיקוח.
- לייעץ לשר הביטחון, בהתאם לצורך, בתחומים העולים מפעילויות הביקורת והפיקוח.
- להביא לטיפולם של הרמטכ"ל, המנכ"ל ובכירים נוספים בצה"ל ובמשרד הביטחון, את הממצאים, הליקויים, הכשלים, הסיכונים והנזקים הפוטנציאליים העולים מהביקורות ופעילויות הפיקוח, ולהמליץ בפניהם על אופן תיקונם, לשיפור המערכת ומניעת הישנותם.