מאבק המעפילים והיישוב היו אחת מאבני הדרך להקמת המדינה. אוניית המעפילים "אף על פי כן" משמשת מוצג מרכזי בפרק ההעפלה ובאמצעותה מסופר סיפור ההעפלה כולו.
אגף מיוחד מוקדש לתולדות חיל הים ששורשיו נטועים במפעל ההעפלה. באגף ניתן להתרשם מצילומים, תעודות, תרשימי קרב, דגמי אניות, ומוצגים מקוריים. בחצר המוזיאון נמצאות גם ספינת טילים וצוללת שבהן ניתן לבקר.