אגף הייצוא הביטחוני (סיבט)אגף משאבי אנושפניות הציבור וחוק חופש המידעאגף דוברות וקשרי ציבוראגף ביטחוני-חברתיאגף משפחות, הנצחה ומורשתאגף ההנדסה והבינויאגף הפיקוח על הייצוא הביטחוני (אפ"י)היועץ המשפטי למערכת הביטחוןאגף מבצעים לוגיסטיים ונכסים (אמו"ן)אגף שיקוםארכיון צה"ל ומערכת הביטחוןהאגף לחיילים משוחררים ומילואיםרשות מעברים יבשתייםמינהל ההרכשה והייצור (מנה"ר)מינהל המעבר דרומהמינהל פיתוח אמצעי לחימה ותשתית טכנולוגית (מפא"ת)רשות החירום הלאומית (רח"ל)מבקר מערכת הביטחון